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文字列 | Rを利用して文字列のマッチング,結合,分割,置換を行う関数

http://stat.biopapyrus.net/r/string.html

Match charmatch pmatch grep regexpr. 第 1 引数にはパターンを指定し、第 2 引数には対象文字列を指定する。 両者はほぼ同様に扱えて、第 1 引数には対象文字列、第 2 引数には切出しの開始位置、第 3 引数には切出しの終了位置を指定する。 1 文字目の位置は、他のプログラミング言語では 0 であるのに対して、R は 1 である。 Dna - c("AAGCT", "TTAAA", "CCTAT") substr(dna, 2, 3) # [1] "AG" "TA" "CT" substring(dna, 2, 3) # [1] "AG" "TA" "CT". Paste0("AAA", "BBB", "CCC") # [1] "AAABBBCCC".

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誤差範囲 | Rで棒グラフと折れ線グラフにエラーバーを付ける

http://stat.biopapyrus.net/graph/errorbar.html

S4 群と S2 群には欠損値が存在するため、. は、ラットに 3 種類の餌 PF、C、G を与え、7 日間の体重を測ったものである。 Biobarplot - function(x, xlab = " , ylab = " , col = NA) { sample.labels - names(x) condition.labels - colnames(x$[[1] ) if (is.na(col) { col.

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演算子 | Rの四則・論理・代入演算子とany,all関数の使い方

http://stat.biopapyrus.net/r/arithmetic-operator.html

3 4 # [1] 7 3 - 4 # [1] -1 9 %/% 2 # [1] 4 9 / 2 # [1] 2 9 % 2 # [1]4. Bx c = 0 として x = (-b ± (b. 2a と計算してから、最後に a、b、c を代入する。 X - 3 #xに3を代入 y - x #yにxを代入 x=3なので、y=3 z - x * y #xとyの積をzに代入 x=3, Y-3なのでこ、z=9 x - 10 #xに10を代入 3という情報が消える. T の時のzの値を取り出す z[x and! Y] # z[x = T and y! T] も可 # [1] 2 6. TRUE" } # [1] "c! X - c(TRUE, TRUE, TRUE) y - c(TRUE, TRUE, FALSE) z - c(FALSE, FALSE, FALSE) any(x) # [1] TRUE any(y) # [1] TRUE any(z) # [1] FALSE all(x) # [1] TRUE all(y) # [1] FALSE all(z) # [1] FALSE.

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分岐処理 | Rの制御構文の文法と利用例,if文,switch文,ifelse文の実用例

http://stat.biopapyrus.net/r/divergence-flow.html

If 文は もし ば をする のような処理を行うときに用いる。 が同じであれば、 i eq. j と出力するスクリプトは次のようになる。 I - 10 j - 10 if (i = j) { print("i eq. j! 文に対して もし ならば をする、そうでなければ をする のような処理は. I - 10 j - 10 if (i = j) { x - 1 } else { x - 2 } x # [1] 1. Op - "1" x - 10 y - 20 ans - switch(op, "1" = x y, "2" = x - y, "3" = x * y, "4" = x / y, stop("Only can use 1, 2, 3, and 4") ). Ifelse 関数と which 関数. 他のプログラミング言語には三項演算子と呼ばれるものがある 例 x = a? について、その各要素が奇数ならば "o" を、偶数ならば "e" を返すスクリプトは以下のように書ける。

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データ型 | 実数,複素数,文字列などのデータ型

http://stat.biopapyrus.net/r/data-type.html

X - c(2) # 1つの要素を持つベクトルx x - 2 # 要素が1つだけのときcを省略できる。 Y - c(2, 3, 4) # 3つの要素を持つベクトルy z - c(2 1i, 2i) # 複素数を要素に持つベクトルz w - c("ABC", "XYZ") # 文字列を要素に持つベクトルw. X - "Hello World" # 文字列を代入 mode(x) # [1] "character" x - c(1, 2, 3, 4) # 実数ベクトルを代入 mode(x) # [1] "numeric" x - function(t) { t } # 関数を代入 mode(x) # [1] "function". X - "Hello World" # 文字列を代入 is.character(x) # [1] TRUE is.numeric(x) # [1] FALSE. X - c(3.14, 2.72, 0.082) y - as.integer(x) y # [1] 3 2 0. TRUE / FALSE からなるベクトルを 1 / 0 に変換する例。

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ハッシュテーブル | R のリストオブジェクトでハッシュテーブルを作成

http://stat.biopapyrus.net/r/hash.html

Perl や Python などのプログラミング言語に見られるハッシュやディクショナリーにあたるものは R にはない。 しかし、R のベクトルあるいはリストオブジェクトは名前をつけることが可能であり、これを利用することで ハッシュのようなもの を作成できる。 最も簡単な例としては、R のベクトルに名前をつけるだけで ハッシュのようなもの を作成できる。 Aaa2a - c("A", "C", "D", "E", "F", "G", "H") names(aaa2a) - c("ALA", "CYS", "ASP", "GLU", "PHE", "GLY", "HIS") aaa2a["ALA"] # ALA # "A" aaa2a[c("PHE", "GLY", "CYS")] # PHE GLY CYS # "F" "G" "C" as.character(aaa2a[c("PHE", "GLY", "PHE", "ALA")]) # [1] "F" "G" "F" "A". 遺伝子 ID を与えて、それに関連付けられている GO ID を取得できるようなハッシュテーブルをリストで作成する。

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データフレーム | 行列と同じく2次元配置で列の取り扱いが柔軟

http://stat.biopapyrus.net/vector/dataframe.html

1 列目が数値、2 列目が文字列、3 列目は複素数などのように複数の属性束ねることができる。 次の例では 3 つの列名を A、B としている。 Df - data.frame( A = c(1, 2, 3, 4), B = c(T, T, F, T) ) df # A B # 1 1 TRUE # 2 2 TRUE # 3 3 FALSE # 4 4 TRUE # 1 列目を取り出す df[, 1] # [1] 1 2 3 4 # 列名を利用して 1 列目を取り出す df$A # [1] 1 2 3 4.

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ファイル操作関数 | Rの基本関数,ディレクトリの移動,ファイル情報の取得,ファイルの作成と削除など

http://stat.biopapyrus.net/r/filemanu.html

次は、カレントディレクトリにあるファイルをすべて読み込んだ後に、拡張子が .txt となっているファイルだけを選別して、それに対して処理を行う例である。 ディレクトリ中のファイル一覧 files - list.files() # .txt 拡張子を持つファイルをリストアップ txt.files - grep(" .txt$", files) #txtファイルに対してデータ解析 for (i in 1:length(txt.files) { data - read.table(txt.files[i]) # # データ処理 # }.

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正規表現 | Rで正規表現マッチングや後方参照する方法

http://stat.biopapyrus.net/r/regex.html

91; ]. 91; ]に囲まれた文字列のうちいずれかの1文字を表す。 先頭、また[ ]の中で使うと、 それ以外 を表す。 直前のパターンが、0 回または 1 回だけ繰り返すことを表す。 前出パターンが、2 回以上 5 回以下に繰り返すことを表す。 文字列を用意 x - c("CATTCGTAC", "GGCGAT", "TCGTATTGCATCAG", "ACCGTA") # 正規表現によるマッチング m - regexpr("A.T", x) # m にはマッチング箇所の開始位置が代入されている # mのmatch.length属性にはマッチング箇所の終了位置が代入されている # マッチング箇所の開始位置から終了位置を取得する back ref - substr(x, m, m attr(m, "match.length") - 1) back ref # [1] "ATT" " "ATT" ".