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使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads_邓飞龙博客
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160; 作者 admin. 160; 已聚集. 输入文件 reads mapto genome.sam #SAM格式. Specific region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置. 例 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列. 1 将reads mapto genome.sam转换为BAM格式. Samtools view -Sb reads mapto genome.sam reads mapto genome.bam. Bedtools intersect -a reads mapto genome.bam -b specific region.bed target reads.bam. Vcftools安装错误-autogen.sh: 3: autogen. 160; ( 56. 160; ( 6. 160; ( 5. 160; ( 11. 160; ( 5.
SAM/BAM格式文件操作软件samtools——二代测序测序分析必备_邓飞龙博客
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160; 作者 admin. 160; 已聚集. Samtools view [ bhuHS] [ t in.refList] [ o output] [ f reqFlag] [ F skipFlag] [ q minMapQ] [ l library] [ r read Group] in.bam in.sam. Region1 [.] ，提取/打印所有的或者部分序列文件。 一个区域可以以如下例格式呈现 `chr2 (the whole chr2), `chr2:1000000 (region starting from 1,000,000bp) or `chr2:1,000,000 2,000,000 (region between 1,000,000 and 2,000,000bp including the end points). 即染色体名 起始打印位点.终止打印位点 位置是以1开始记录第一个碱基的方式定位 1-based coordinate。 T FILE 这个文件是以TAB分隔的，每行必须包含参考序列名字 如染色体名 ，一行只包含单个参考序列名字，其它区域被忽略。
python编程中的if __name__ == 'main': 的作用和原理_邓飞龙博客
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Python编程中的if name = 'main': 的作用和原理. 160; 作者 admin. 160; 已聚集. 在大多数编排得好一点的脚本或者程序里面都有这段if name = main: ，虽然一直知道他的作用，但是一直比较模糊，收集资料详细理解之后与打架分享。 因此if name = main: 的作用就是控制这两种情况执行代码的过程，在if name = main: 下的代码只有在第一种情况下 即文件作为脚本直接执行 才会被执行，而import到其他脚本中是不会被执行的。 Print Im the first. If name = main :. Print Im the second. 即， if name = main : 语句之前和之后的代码都被执行. 执行 import test.py脚本，输出结果如下. 即， if name = main :. 而“ main ”等于当前执行文件的名称 包含了后缀.py。 进而当模块被直接执行时， name = main结果为真。 同样举例说明，我们在test.py脚本的 if name = main :.
杂七杂八_邓飞龙博客
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在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记. 本着绝不吹牛，吹牛也不打草稿的原则，做简单的自我介绍 我爸给我起名 邓飞龙 ，沿用至今，打算长期使用并刻于墓碑，属于第一批出生的90后。 本科就读于雅安最强高校 四川农业大学 ，并有幸继续随迁校大军移至 成都温江 继续我的读书生涯，目前是渣渣博士. Python编程中的if name = 'main': 的作用和原理. 在大多数编排得好一点的脚本或者程序里面都有这段if name = main: ，虽然一直知道他的作用，但是一直比较模糊，收集资料详细理解之后与打架分享。 Usage 1. 下载压缩包，解压之后包含两个二进制文件，2bwt-builder 和 soap 2. 首先使用2bwt-builder对基因组建索引 2bwt-builder FastaPath/YourFasta #. 201601.13更新 目前我也正在一边学习python一边写一个小软件，看到 鸣一道 兄的博客中这篇文章，感觉很快就会用得. 标签 samtools,bam,sam. 160; ( 56.
生信软件_邓飞龙博客
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Fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件，可以使用samtools faidx命令创建，具体用法如下 用法 samtools faidx. Tophat2 在RNA-Seq中的重要性自然不言而喻，废话不多说，直接说说其中两个让我纠结好久的参数-r/- mate-inner-dist和- mate-std-dev。 首先解释两个参数 -r/- mate-inner-dist 官网解释 This is the expected (mean) inner distance between mate pairs. 一 启动pbs服务 1. 启动pbs服务端 主节点即为服务端 /etc/init.d/pbs server start 2. 启动客户端 主节点和其他节点都可以计算，因此都可以打开 /etc/init.d/pbs mom start 注意 除start外，还可以status, restart, stop 3. 打开所有借点调度器. 160; ( 56. 160; ( 6. 160; ( 5. 160; ( 11. 160; ( 5.
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2007年7月，经上海大世界吉尼斯总部认证，以20分24秒内连续命中靶子142次，成为目前 弹弓连续命中数量之最 吉尼斯纪录的保持者，是名符其实的 中国弹弓王 ，进而成了我国数百万弹弓爱好者中的代表人物。 在他参加的 中国达人秀 、 谁与争锋 、 百科探秘 、 纪实 等栏目中，以及弹弓十米打易拉罐 双弹齐发，同中两罐 ，五米打小泥球 三弹齐发，同中三泥球 、10米外打色子等精准快的弹弓绝技而获窦文涛、徐静蕾、高晓松、黎明等多位明星高度赞扬。
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本着绝不吹牛，吹牛也不打草稿的原则，做简单的自我介绍 我爸给我起名 邓飞龙 ，沿用至今，打算长期使用并刻于墓碑，属于第一批出生的90后。 Fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件，可以使用samtools faidx命令创建，具体用法如下 用法 samtools faidx. 1 应该在创建 user 数据库模型的时候继承 UserMixin 类，或者在数据库模型中写入 is authenticated(), is active(), is anonymous() 和 get id() 四个方法。 2 必须写入回调函数，该函数用于在会话中获取用户 id 并构建用户对象 即查询其他信息 ，该函数. Figure(num=None, figsize=None, dpi=None, facecolor=None, edgecolor=None, frameon=True, FigureClass=class matplotlib.figure.Figure, * kwargs) num 接收字符串或者整数。 Nohup 命令 用途 Linux 命.
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