doc.plob.org

plob.org

Glossary | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/category/glossary

Public Library of Bioinformatics. Real Time PCR 检测方法原理. 嵌合荧光染料检测法 (SYBR Green I) SYBR Green I是荧光定量PCR最常用的DNA结合染料，能与双链DNA非特异性结合，结合后发出荧光，可以通过检测反应体系中的SYBR Gree. 应用一对双标记Taqman探针，分别针对双等位SNP的不同基因型，只有完全匹配的探针扩增出各自对应的基因型 用两种荧光染料Fam，Hex Vic 分别标记这两种探针，就可以在一次PCR反应中完成对单个. 1 codingGene的结构 codingGene一般表现出来至少是四个结构 TU，MODEL，EXON，CDS。 下面引用百度百科资料简单介绍一下 点突变，也称作单碱基替换 single base substitu. 什么是高通量测序 高通量测序技术 High-throughput sequencing，HTS 是对传统Sanger测序 称为一代测序技术 革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定.

plob.org

Popular Science | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/category/popular-and-science

Public Library of Bioinformatics. 中国科学院广州生物医药与健康研究院 科普小组 原文 http:/ www.gibh.cas.cn/kxcb/kpwz/201107/t20110722 3312803.html 2013年2月23日. 最近有这样一条 有趣的消息 ，说加州一名小姑娘在做家庭作业时发现美国除了第八任总统范布伦之外所有的总统都有一个共同的祖先 1215 年签署大宪章的英王约翰。 以 DNA 为例，即便研磨样品、合成引物、配制试剂等等前期工作准备得再充分，走完抽提 DNA、. 来源 科学松鼠会 http:/ songshuhui.net/archives/66950 演化生物学是个好东西，因为它经常可以回答 为什么 的问题，而生物学其他领域往往只能回答到 怎样 这一步。 撰文 阿克曼 Jennifer Ackerman 翻譯 涂可欣 重点提要 人体内的细菌细胞数是人类细胞的10倍，然而研究人员直到最近，才开始了解微生物对健康的帮助。 String Graph of a Genome. 后天性状可经由 small RNAs 遗传.

plob.org

Epigenetics | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/category/epigenetics

Public Library of Bioinformatics. DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了，如果大家还不是很了解，可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程. 软件链接地址 https:/ code.google.com/p/edmr/ 该软件是可以基于对methylkit 软件包进行 进一步处理的，在处理和找寻差异甲基化为点和区域，分析的要比 methyl. 相关的分析软件 methylKit https:/ code.google.com/p/methylkit/ BSMAP https:/ code.google.com/p/bsmap/ MOAB. DNA甲基化分析流程示意图 Workflow of high-throughput DNA methylation analysis. The workflow shows the ba. MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明.

plob.org

关于我们 | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/whatisplob

Public Library of Bioinformatics. 然而在实验中，总会有一系列的问题出现，诸如 软件如何安装使用 参数怎么设置 软件安装出错了怎么解决 数据格式怎么转换 数据怎么分析。 在线发布内容的方法请参考 http:/ www.plob.org/sharedata/jiaocheng/index.html. 如果在PLoB里面找不到答案，请在 http:/ www.BioAsk.net. 目前评论 38 其中 访客 31 博主 7. 2015年04月08日 上午 11:45 21楼. 2015年04月16日 上午 9:45 1层. 2015年04月27日 下午 4:16 22楼. 2015年05月22日 下午 5:00 23楼. 2015年12月28日 上午 8:53 24楼. 2016年03月26日 上午 3:21 25楼. 2016年06月23日 下午 5:01 26楼. 2016年08月24日 上午 9:32 27楼. 生物信息学 群 :421243979( 开放中. 生物信息学 群 :330437576( 群已满. 请先在 www.plob.org.

plob.org

Genomics | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/category/genomics

Public Library of Bioinformatics. 部分翻译 Hui Y, Kai W. Genomic variant annotation and prioritization with ANNOVAR and wANNOVAR[J]. Natur. Snp-calling流程 BWA SAMTOOLS BCFTOOLS. 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败，我也不知道怎么回事，懒. 进入网页 http:/ www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/ 其实就是http:/ www.ncbi.nlm.nih.gov/snp 这个网页 可以看到这个基因上面发表. 第一次听说这个软件，是一个香港朋友推荐的 http:/ davetang.org/muse/2016/01/13/getting-started-with-gemini/ 他写的很棒，但是我当初以为是. Error while loading shared libraries: libstdc .so.5解决办法.

plob.org

Transcriptomics | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/category/transcriptomics

Public Library of Bioinformatics. Tophat cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考 利用top. 详细讲解NA-Seq基因表达水平衡量方法 RPKM, FPKM and TPM. 小编注 近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。 小编注 近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。 MTD(mammalian transcriptomic database) 哺乳动物动态转录本数据库. MTD http:/ mtd.cbi.ac.cn 是今年初发表在Brings in Bioinformatics上的哺乳动物动态转录本数据库 http:/ bib.oxfordjournals.org. In RNA-Seq, 2! 转录组 de novo流程 包括转录本完整注释.

plob.org

454 | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/tag/454

Public Library of Bioinformatics. 454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl. 小型测序仪一般只有台式电脑大小，价格便宜、操作简单，但通量相对较小，一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了. 简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件，由 David Gordon 等人于 1998 年发布， 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis. 千年基因率先推出454 GS FLX 转录组测序. 自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454 GS FLX 测序系统以来，千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。 Running newbler: more de novo assembly parameters.

plob.org

reads | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/tag/reads

Public Library of Bioinformatics. 前面刚给大家介绍了一款reads mapping的软件 MapNext 推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件 ，大家有兴趣的可以试试。 这里给大家推荐一个工具BLASR Basic Local Alignment with Suc. Pacific bio sequences fall at other extreme from Illumina Solexa data. The reads are very long ( 5kB. We started with 600 million 100mer reads from a genomic library and plotted its K-mer distribution. . Maximizing Utility of Available RAMs in K-mer World.

plob.org

Bioinformatics | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/category/bioinformatics

Public Library of Bioinformatics. 2014年2月，美国曼荷莲学院 Mount Holyoke College 数学与统计学教授George Cobb在美国统计学会 American Statistical Associa. 一，下载该软件 wget http:/ ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ta. 物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面，在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http:/ www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ，NCBI人为的给自然. 一 下载安装该软件 软件 NCBI提供的igblastn linux环境 需要自己去NCBI的ftp里面下载 ftp:/ ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables. 转录组 de novo流程 包括转录本完整注释. Efficient Methods for Counting K-mers.

plob.org

画图 | Public Library of Bioinformatics

http://www.plob.org/tag/画图

Public Library of Bioinformatics. 比如oma=c(4,3,2,1)，就是指外围边距分别为下边距 4行，左边距3行，上边距. 其帮助文档 http:/ www.circos.ca/documentation/tutorials/ 2. Circos的安装 Circs是pe. 使用ggplot2画图 作者 Guangchuang Yu 原文链接 http:/ ygc.name/2014/05/11/use-ggplot2/ 1、Why use ggplot2 ggplo. I 导论 1 什么是ggplot2 ggplot2是用于绘图的R语言扩展包，其理念根植于 Grammar of Graphics 一书。 关于颜色说明 r-红色 g-绿色 b-蓝色 c-青色 m-洋红 y-黄色 k-黑色 w-白色 关于形状说明 加号 o 圆圈 * 星号 . 点 x 十字 s 矩形 d 菱形 上三角 v .