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Changes in the Eye Microbiota Associated with Contact Lens Wearing. 58个个体 40名女性和18名男性 提供样本,针对这些58个个体中的20个个体 包括9个眼镜配戴者和11个非眼镜配戴者 纵向随访6周,两周收集一次样品,在实验室共取样3次。 无菌干棉签 Fisher Scientific 在以下采样点进行采样,然后立即放置在无菌低温管 thermoscientific。 取样点包括左、右结膜 左、右眼下面的皮肤 隐形眼镜 共250个样本,其中包括116个结膜标本,114个皮肤样本,和20个隐形眼镜部位样本 ,样品立即冻结在-80°C。 针对58个个体中另外38个个体 包括16个眼镜配戴者; n =75 在眼科科室用50微升0.5%盐酸丙美卡因滴眼液麻醉后都取样一次。 在实验室无麻醉取样的受试者结膜细菌Alpha多样性要比在眼科科室用眼药水麻醉取样的结膜细菌Alpha多样性明显较高 系统发育多样性指数分析,图1SA ,使用麻醉眼药水直接改变了细菌的菌落结构组成 图1SB。
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注 横坐标表示该分类水平下物种注释信息,纵坐标表示样本中物种相对丰度 % ,从左到右样本中物种按相对丰度高低依次排列,右上角图例表示对应的Legend分类等级下的物种注释信息,如上图为纲水平。 MetagenomeSeq分析多用于比较不同分类水平 如门,属等 上的物种在两组样本中的丰度差异性,以 logFC 1且 P value 0.05. 注 第一列表示该分类水平差异显著的物种注释信息 各样本下的数值表示物种在每个样本中的reads数目 Norm.样本下的数值表示经标准化之后的物种丰度值 logFC列表示组间差异改变倍数取以2为底的对数值,即log. Value 0.05 时差异显著 adj P. 注 箱体图主要是利用数据中的五个统计量 最小值、第一四分位数 25% 、中位数 50% 、第三四分位数 75% 和最大值来描述数据的一种方法,它也可以粗略地看出每组样本组内是否具有对称性,分布的分散程度等信息,同时可以看出不同组别间物种丰度高低差异。 Bioenv分析主要是进行生物 环境连接的逐步分析和相关检验,需根据客户提供的环境因子数据,计算并统计出与群落 OTU 相关性最高的环境因子组合。
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