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ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー

第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 12301;で、今話題?のPacific Biosciences のシーケンサーのことを書いています。 ご存じのとおり、HiSeqやSOLiDや454とは全く違うシステムで、覚えることが多くて大変です。 ここではデータ解析のことだけではなく、ウェットにも触れようと思いますので、よろしければのぞいていって下さい。 今のところ唯一、PacBioについての日本語のブログです。多分。 私は今まで、この「ショートリードの憂鬱」というブログで、次世代シーケンサーの技術と解析を中心に書いてきました。 私は、今度はPacBio擁護派に属する訳ですが、その...つまり、...

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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 12301;で、今話題?のPacific Biosciences のシーケンサーのことを書いています。 ご存じのとおり、HiSeqやSOLiDや454とは全く違うシステムで、覚えることが多くて大変です。 ここではデータ解析のことだけではなく、ウェットにも触れようと思いますので、よろしければのぞいていって下さい。 今のところ唯一、PacBioについての日本語のブログです。多分。 私は今まで、この「ショートリードの憂鬱」というブログで、次世代シーケンサーの技術と解析を中心に書いてきました。 私は、今度はPacBio擁護派に属する訳ですが、その...つまり、...
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ショートリードの憂鬱 次世代シーケンサー,pacbio 更新中,今年から別ブログ「 パックマンの挑戦,ken osaki,0 件のコメント,メールで送信,blogthis,twitter で共有する,facebook で共有する,pinterest に共有,ラベル pacbio,シーケンサー,リアクション,確かabi社のsolidのプレゼンだったと記憶しています,本当に良かったと思います,そこで、,その名も、,日本で一番詳しいpacbioのブログ、を目指します!,それだけ注目度が高いということでしょう
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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 12301;で、今話題?のPacific Biosciences のシーケンサーのことを書いています。 ご存じのとおり、HiSeqやSOLiDや454とは全く違うシステムで、覚えることが多くて大変です。 ここではデータ解析のことだけではなく、ウェットにも触れようと思いますので、よろしければのぞいていって下さい。 今のところ唯一、PacBioについての日本語のブログです。多分。 私は今まで、この「ショートリードの憂鬱」というブログで、次世代シーケンサーの技術と解析を中心に書いてきました。 私は、今度はPacBio擁護派に属する訳ですが、その...つまり、...

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ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー: 4月 2011

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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 SAMMate ( http:/ sammate.sourceforge.net/). これは、Windowsで動きます。 GUI自体も難しい操作は必要なく、非常にシンプルです。 先ずは上のサイトからEXEをダウンロードしましょう。 WinもMacも今最新のがv2.5です。 SAMMate.exeをダブルクリックすると、起動します。 起動しない時は、必要なバージョンのJavaが入っていないせいかもしれません。詳しくは先のサイトからダウンロードできるManualに書いてあります。 あとは、 "Run" するだけ。 NGSのデータは1ファイル10Gbを超えるものもざらな...

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ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー: BEDファイルをGFFファイルに変換

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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 どちらも、ゲノムのアノテーションや場所を指定・定義するフォーマットです。 例えば前回のブログに書いた、SureSelectのキャプチャー領域を示したBEDファイル、これをGFFファイルに変換する必要があったとします。 ポジションの表示方法が、UCSCで作られたBEDフォーマットは0インデックス、SangerでつくられたGFFは1インデックスなのです。 . なんのこっちゃ?とお思いの方、数え方の違いだと思ってください。 塩基を0から数えるか、1から数えるか、の差です。 12288;  ユーザー登録が必要です。 . もちろんSureSelectだけでなく、...

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ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー: 11月 2011

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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 突然ですがヒトのゲノムにマッピングをするとき、NCBIの配列を使いますか? それともUCSCの配列を使いますか? GRCh37 ( Genome Reference Consortium. Human build 37) ? . Human genome 19) ? リファレンス配列、1番から22番 X、Y染色体に関して言えば、配列はどちらも同じです。 そう言われても信じない方もいると思うし、現にヒューマンエラーで多少違うんでは?と思っている方もいるでしょう。 から、chr1.fa.gz などを1番から22番 XとY. 結果、A、T&#1...60,830,534番...

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ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー: 12月 2011

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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 私は今まで、この「ショートリードの憂鬱」というブログで、次世代シーケンサーの技術と解析を中心に書いてきました。 仕事でNGSのデータを扱っていましたが、このブログは会社の業務とは全く別に、個人でやっています。 だから自分の所属する会社名は出していないはず(リンクを貼ったことはあったけど)です。 そもそも次世代シーケンサーなるものを最初に知ったのは、2007年の分子生物学会でした。 . 2009年、NGS関連の論文がたくさん出てくるようになり、時間が許す限り、目を通すようにしました。 . と、まあ、来年に向けての抱負っぽいことを言いましたが...も、でき...

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ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー: 3月 2011

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第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。  一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http:/ pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を覗いて行ってね。 Accelrys Partners with Oxford Nanopore. Accelrys といえば、バイオの研究者よりもケミカルの研究者に良く知られているかもしれませんね。 Pipeline Pilot というソフトウェアが有名です。 画面(デフォルト)はこんな感じです。 このソフトは、パイプラインと呼んでいる通り、解析の流れを先ず作ります。 GUIで作ります。 で、このパイプラインにはオプションで、 シーケンス解析のパーツがある. のです!! . Http:/ ir.accelrys.com/releasedetail.cfm? 参考資料です&#12290...

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Ghosts We Have Known (2008). Promotes the idea that short is spectacular by publishing a series of collectible books celebrating Northern California writers. Sized for a fast read, each has a specific theme, usually based on visual images. Writers are asked to study the images and see where they take them. The brainchild of Elana O Loskey. Of Danville, California and Sue Clark. Of Lincoln, California,. Ghosts We Have Known. Fish Tales - 2007. Beach Stories - 2005.