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genecard | Genomics for fun

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Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. 直接就是正文 (1) PubGene: 他们做的就是genome data 的SearchEngine，目的是为医院服务。 让人难以想象的是他们就这样靠两笔经费活了16年 2001年成立 http:/ www.na . 作者 YellowTree 分类 医学案例. 阅读 516 标签 genecard. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. CtDNA 血液中的癌症 指纹 信息.

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癌症基因组学研究全程回顾（1） | Genomics for fun

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作者 YellowTree 发布 2016-12-31 23:52 分类 癌症基因组. 并且，这些发生的变异中，许多往往都是之前所未观察到的 Novel mutations ，它们也不会只存在于基因组的编码区域中，因而为了能够真正做到全面研究癌症基因组本身所发生的所有突变事件，全基因组测序已被视为肿瘤基因变异研究中 唯一. 当前基因组测序技术的一大特点是在于能够在很短的时间内并行测得数十亿 甚至数百亿 的独立序列片段 read，而每个read来源于单个的DNA分子。 每个人都携带一套独特的来自父母遗传的胚系突变 germline mutations 信息。 但随着癌症的发展，体细胞突变 Somatic mutations 和基因组重排 genomics rearrangements 会逐渐增加。 并且肿瘤本身也常常包含几种不同的克隆亚型 clone types ，每一种都有着不同的治疗反应和复发可能。 2012年Ding Li等人发表在Natrue上的一项研究弄清了急性髓细胞白血病 AML 的复发原因。 Hsieh A. C., Liu Y., Edlind M. P&#...本文固定链接: http:...

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示例页面 | Genomics for fun

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Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较.

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单细胞测序 | Genomics for fun

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导读 这篇文章的由头始于华大徐讯最近提到的 基因测序百元时代 和一位网友在知乎上的提问 个人基因组测序降到 500 元以内后基因组学将有哪些大的改变 ，该问答已被收录于知乎圆桌 基因解码 ，大家感兴趣的话点击 阅读原文 可跳转至知乎页面继续阅读，泛基因摘编了该问题的部分回复，原作者保留 . 作者 YellowTree 分类 测序技术. 阅读 237 标签 单细胞测序. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较.

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Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较 | Genomics for fun

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Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. 作者 YellowTree 发布 2016-08-31 23:38 分类 医学案例. Http:/ www.nature.com/ng/journal/v28/n1/full/ng0501 21.html. 3) IBM Watson: 自然语言处理系统，擅长处理非结构化数据，运用算法进行统计决策，潜力比较巨大，号称目前最强的专家系统，它的应用是方方面面的。 都可以看得出，IBM watson目前在clinical trial方面相比于Pubgene和GeneCard这两个而言都要更直接和有价值一些 或者说应用的潜力要更强. Http:/ www.ibm.com/smarterplanet/us/en/ibmwatson/clinical-trial-matching.html. 该日志由 YellowTree 于2016年08月31日发表在 医学案例. 原创文章转载请注明: Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较 Genomics for fun. CtDNA 血液中的癌症 指纹 信息.

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人类不是从猴子进化而来 | Genomics for fun

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作者 YellowTree 发布 2016-12-11 18:57 分类 物种进化与迁徙. 本文固定链接: http:/ blog.fungenomics.com/2016/12/human-did-not-evolved-from-monkey.html Genomics for fun. 该日志由 YellowTree 于2016年12月11日发表在 物种进化与迁徙. 原创文章转载请注明: 人类不是从猴子进化而来 Genomics for fun. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较.

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假如全基因组测序只需要500RMB！！ | Genomics for fun

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作者 YellowTree 发布 2016-09-04 22:54 分类 测序技术. 和一位网友在知乎上的提问 个人基因组测序降到 500 元以内后基因组学将有哪些大的改变. 这里，就要引入CTC 循环肿瘤细胞 circulating tumor cells 的概念。 CTC细胞有着普通肿瘤细胞许多没有的特性，例如体积会更大，会拥有 干性 ，或是会更容易进入EMT 上皮细胞间质化 途径等。 第二种情况指的是 除了同一病人的不同肿瘤细胞会造成肿瘤的异质性外，肿瘤的异质性还体现在不同病人可能得了相同的肿瘤，但是那个 相同 未必真是相同 仅仅是表型相同，不代表着基因型也相同。 下图2就是肿瘤异质性的反应，不同颜色代表着不同的肿瘤亚群，不同亚群的肿瘤侵入到不同的地方形成新的肿瘤 进化 应理解为发展 分支，造就了肿瘤的异质性 以及不同的病人之间得的肿瘤之间也有异质性。 然而，由于起始基因组DNA的量极小，直接用于扩增会因为某些片段 例如GC含量较少 特别容易扩增，因此会有较强的扩增偏好性 Amplification Bias ，导致了对基因组的覆盖度会减小，MDA法就不能很好地解决该问题。 Http:/ geno...

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RNA | Genomics for fun

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声明 本文来自我去年发在 泛基因社区 的一篇文章，略有修改。 未经许可，禁止转载 前段时间，我接触了一个RNA-seq的项目，做完之后，我重新思考了FPKM和RPKM的计算，觉得它们很可能是不对的，后来查阅了一些文献终于验证了我的想法，现在将我的推导过程记录下来 1. FPKM和RPKM分别是什么 RPKM是Reads Per Kilo . 作者 YellowTree 分类 生物信息学. 阅读 147 标签 RNA. 现在我重新将这个过程记录下来 1. FPKM和RPKM分别是什么 RPKM是Reads Per Kilobase per Million的缩写，它的计算方程非常简单 $ RPKM = frac{10 6 times n r}{L . 作者 YellowTree 分类 生物信息学. 阅读 389 标签 RNA. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. CtDNA 血液中的癌症 指纹 信息.

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综述 | Genomics for fun

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美国国家卫生研究院 NIH 开启的药物基因组计划 Druggable Genome programme 旨在促进充分地研究目标。 作为这方面努力的一部分，影响因子47.12的Nature Reviews Drug Discovery在2017 . 作者 YellowTree 分类 药物基因组. 阅读 89 标签 综述. 这是 癌症基因组研究全程回顾 系列文章的最后一篇 有关RNA和表观修饰对癌症发生发展的影响。 作者 YellowTree 分类 癌症基因组. 阅读 115 标签 癌症. 基因组突变 所有的肿瘤在其发展的过程中都会不断积累体细胞突变 somatic mutations。 作者 YellowTree 分类 癌症基因组. 阅读 70 标签 癌症. 并且，这些发生的变异中，许多往往都是之前所未观察到的 Novel mutations ，它们也不会只存在于基因组的编码区域中 . 作者 YellowTree 分类 癌症基因组. 阅读 131 标签 癌症. Pubgene,GeneCard 和 Watson在医学应用中的比较. 作者 YellowTree 分类 医学案例. 阅读 566 标签 cfDNA.