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Hacking is believing次世代シーケンサー、シーケンシング、マイクロアレイ、データ解析、R + Bioconductor、DNA、ゲノム、ChIP-seq, RNA-seq
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Hacking is believing: Rパッケージが Bioconductor に採択されるまでの顛末
http://blog.hackingisbelieving.org/2012/05/bioconductor.html
R には CRAN というパッケージ集がありますが、ライフサエンス分野専門のパッケージ集に Bioconductor というものがあります。Core developer team のメンバーは、Rの core developer team と一部メンバーが被っています。 Bioconductor は CRAN と比較すると、詳細なコードレビュー/ドキュメンテーション(もちろん英語の)が必要など、わりと厳しめの採択基準があります。これまで、日本人でBioCに採択された人がいなく情報があまりませんでした。このたび、 BrainStars for R. というパッケージが Bioconductor 2.10 に採択され公開されました。その顛末を公開して、日本のすぐれたプログラムが Bioconductor に採択されることをエンカレッジできればと思います。 を読むと一通り書いてあります。またパッケージングについては、以前のエントリを参照ください。 R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 0 低レベル関数をラップして、ひとつの関数にまとめ&#...
Hacking is believing: 次世代シークエンス解析スタンダードという本を監修しました
http://blog.hackingisbelieving.org/2014/08/blog-post.html
二階堂 愛／編 定価 5,500円＋税. 2014年08月 発行 B5判 404ページ. エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。論文には書いていないコツなども満載。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。 二階堂愛 (にかいどういとし) ♂, Bioinformatics (Ph.D.). このブログは クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非営利 4.0 国際 ライセンスの下に提供されています。 Itoshi NIKAIDO, 表示 2.1 日本 (CC BY 2.1). Simple テンプレート. Powered by Blogger.
Hacking is believing: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2)
http://blog.hackingisbelieving.org/2012/01/r-devtools-testthat-roxygen.html
R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 追記 (2012/04/21): 以下のコードは S4 classes で書いていますが、R5 reference classes で書き直してみました。こちらもどうぞ。 http:/ blog.hackingisbelieving.org/2012/04/r5-reference-class-r-devtools-testthat.html. R のパッケージ開発の情報があまりないので、自分はこんな感じでやってます、というのを書いてみます。パッケージ開発支援の devtools と単体テスト支援の testthat, そしてドキュメント生成支援の roxygen を使うのがいまどきっぽいです。 そもそもパッケージを作製しているひとをあまりみたことがないので、もっとこうすべき、というのがあれば教えてほしいです。 Devtools の設定をします。 /.Rpackages に設定を記述します。 Default = function(x) {. Filepath(" /Project/dev/R/", x, x).
Hacking is believing: R5 reference class 編: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2)
http://blog.hackingisbelieving.org/2012/04/r5-reference-class-r-devtools-testthat.html
R5 reference class 編: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 一週間ほど熱でうなされながら、とある研究に使うために、とあるプログラムのドキュメントをひたすら読んでいました。残念ながら R からアクセスするパッケージがないので自分で書いてみようかと思うのですが、どうせなら R5 reference class を使って実装してみようと、朦朧とする意識のなか考えていました。 その前に、R5のおさらいということで、以前のS4で実装した「 R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 12301;をR5にしてみました。解説を書くほど元気がないので、github にコードは置いてあげたので、興味のあるおにいちゃんは各自コード読んだらいいんだからねっ! 12290;しかし中身は setMethod も併用使いまくりで、なんというか、フランケンなんとかさんの作りたもうたアレやら、白鳥のバタ足やらを彷彿させる感じです。
Hacking is believing: Quartz-Seqで1細胞/微量RNA-Seqを始めたい方へ
http://blog.hackingisbelieving.org/2013/05/1rna-seq-quartz-seq-sasagawa-y-and.html
新しい高精度な1細胞RNA-Seq, Quartz-Seq論文を出してから、各方面から多く相談を受けています。 Y and Nikaido I, et. al. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity. Genome Biology. 14. 2013. そこで、新しく1細胞RNA-Seqを始める方へ、僕達が理想だと考えている技術導入の手順を紹介したいと思います。また我々の方法は1細胞(6-14 pg. A 細胞状態が連続的に変化し、さまざまな細胞状態が、細胞集団に含まれている場合 (振動現象、ゆらぎなど). 1細胞ではなく微量RNA-Seqのプロトコールはこちら。ライブラリ作製にもコツがあります。短い断片を漏れなくライブラリ化するために、必ずLIMprepを利用してください。 確保できるRNA量と biological replication の数を検討する. まず1細胞相当RNAを用意しましょうӍ...
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Welcome to nginx on Debian!
Welcome to nginx on Debian! If you see this page, the nginx web server is successfully installed and working on Debian. Further configuration is required. For online documentation and support please refer to nginx.org. Tool to report bugs in the nginx package with Debian. However, check existing bug reports. Before reporting a new bug. Thank you for using debian and nginx.
Hacking Christianity | Faith | Tech | Geeks
Is a community that engages in conversations about faith using the lenses of progressive theology, technology, and geek culture. This blog has been featured in two books, NPR, The Progressive Christian, Sojourners, The Christian Century, Ministry Matters, UMC.org. And the United Methodist Reporter. A Wrinkle in Time's Watered Down Theology. Practicing God’s YES in a Culture of NO. Wishing for a Top 25 UMCs List We Could Actually Use. The UMC is Hanging by a Thread from the Bishops' Robes. Middot; Terms o...
HackingCough
Hold the front page: virtualisation isn't new apparently. I'm just posting a release emailed to me as I haven't found an online version of the release yet. I'm not sure that there are many articles that claim virtualisation was invented recently, particularly as IBM has been selling VM/370 for donkey's years (the clue's in the name), and I assume that the work John Walker is referring to here is the research that spawned VM. ISACA expert claims virtualisation dates back to 1960s. I have one question: why?
Hacking Health | Blog
Winners of Hacking Health Vancouver @ eHealth 2014. Another great hackathon bites the dust. As in true Hacking Health tradition, we partnered up with the COACH Conference at eHealth Vancouver 2014, and brought hackers onto the floor to innovate and come up with great user-centric solutions to front-line problems healthcare professionals face. All within 48hours! It was a true success and we could not be more pleased with the amazing progress that our teams made in such a short period of time. An app that...
Hacking is believing
二階堂 愛／編 定価 5,500円＋税. 2014年08月 発行 B5判 404ページ. エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。論文には書いていないコツなども満載。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。 Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する. 1 vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。 Http:/ www.vagrantup.com/. Vagrant plugin install vagrant-aws. AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。 Vagrant box add dummy https:/ github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box. Vi: set ft=ruby :. VAGRANTFILE API VERSION = "2". Awselastic ip = true.
Default Parallels Plesk Panel Page
Web Server's Default Page. This page is generated by Parallels Plesk Panel. The leading hosting automation software. You see this page because there is no Web site at this address. You can do the following:. Create domains and set up Web hosting using Parallels Plesk Panel. Parallels is a worldwide leader in virtualization and automation software that optimizes computing for consumers, businesses, and Cloud services providers across all major hardware, operating systems, and virtualization platforms.
Hacking on Hacks
Raygun.Owin v0.1.17-beta Released. It’s been over a year now since v0.1.0 of Raygun.Owin. Was released. This version was pretty rough around the edges but it served its purpose for what I needed. I’ve been wanting to update this for awhile and so recently I pulled the code into another project I’m working on and started to rewrite it. This update attempts to bring Raygun.Owin more inline with the Raygun4Net. Continue reading →. This entry was posted in Announcements. And tagged asp.net. December 12, 2014.
Hacking Thought Blog
Ranting about writing software. Thursday, May 21, 2015. McTest: A little http testing library I wrote for Go. Problem: This started out with someone asking me how to write a test in Go for http handler. Then I wanted to add some testing to my web services (JSON API specifically) and http handler wrappers (middleware). Goal: To have a simple library that removes the boilerplate code for validating the response body and response code that is magic free. httptest. Links to this post. Thursday, May 15, 2014.
HackIX: Small Hacks for a Large World
Zend Framework 1 and Doctrine 2 integration modular setup. Elink Media posts a followup; I’ve created a new branch on my Github project zf1-doctrine2 .… [more]. Adding Zend Cache to Flex/Flash Builder 4 Projects. I have som rather large and time consuming queries running in the Statistics screen of an NOC (Network… [more]. Zend Amf and Flash Remoting Some things to note flex flash zf remoting. Setting Up Doctrine for Zend Framework 1.9.x. Apigility 1.0.0beta1 Released! You can indicate the URL. Can be pr...
満足せる豚。眠たげなポチ。
By tanabe on September 08, 2009. テンプレート使いたいんだけど、ちょっとしたスクリプトだしそもそも ERB の API どんなんだったか覚えてないし、リファレンス引くのもちょっとした手間だし。 Sample template = Proc.new do param1, param2 %Q! Lstrip end # 使うのも簡単。 Puts sample template.call(p1, p2). 結論としては require 'erb' と ERB.new(text).result だけなんだから覚えろよ。 By tanabe on August 07, 2009. Rubykaigi2009 スタッフのその後を追いたくて今さら twitter のアカウントとってみた。 2009年春 オブヒロ オブラブ合同イベント 田町deナイト SAMURAI meets VIKING. By tanabe on April 27, 2009. Values と principles を基に行動せよ. おー 好きなサッカー選手は ミカエル ラウドルップ (爆笑) みたいな。
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