seqahead.cs.tu-dortmund.de
wgs:wg3:start (SeqAhead)
http://seqahead.cs.tu-dortmund.de/wgs:wg3:start
Design and implementation of software or software platforms for efficient and versatile analysis of next generation sequencing data. Links to existing tools are posted below. Please try to keep the list organized. Removing known adapters before mapping. Mapping exactly reads without genome indexing. Indexing collections of reads (library). Biologist-friendly NGS data analysis and visualization software. Eija Korpelainen et al. Regulatory Sequence Analysis Tools software suite. Jacques van Helden et al.
emboss.open-bio.org
EMBOSS Users Guide
http://emboss.open-bio.org/html/use/index.html
EMBL European Bioinformatics Institute. EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK. EMBL European Bioinformatics Institute. EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK. EMBL European Bioinformatics Institute. EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK. 1 Introduction to EMBOSS. 3 About the Authors. 4 How To Cite EMBOSS. Conventions used in the Manual. 1 Command Line Sessions and Commands. 2 Program Listings and Code.
jstacs.de
Dimont - Jstacs
http://www.jstacs.de/index.php/Dimont
By Jan Grau, Stefan Posch, Ivo Grosse, and Jens Keilwagen. Dimont is a universal tool for de-novo motif discovery. Dimont has successfully been applied to ChIP-seq, ChIP-exo and protein-binding microarray (PBM) data. We provide Dimont as a public web-server, a web-application that can be installed in a local Galaxy server, and as a command line program. Dimont @ Galaxy toolshed. Running the command line application. If you use Dimont, please cite. 41(21):e197, 2013. doi: 10.1093/nar/gkt831. Home director...
altanalyze.org
AltAnalyze Analysis Pipeline
http://www.altanalyze.org/help.htm
AltAnalyze Information and Instructions. Section 1 - Introduction. AltAnalyze (http:/ altanalyze.org) is a freely available, cross-platform application designed to assess changes in protein sequence, domain composition, and microRNA targeting from user RNA sequencing ( RNA-Seq. Http:/ code.google.com/p/altanalyze. Figure 1.1. AltAnalyze Overview. Simplified graphic illustration of the analysis steps and output files produced by AltAnalyze. ORA, over-representation analysis. A minimum of 1GB of RAM and In...
elixir-finland.org
Elixir
http://www.elixir-finland.org/palvelut/virtuaaliset-koneet
Biotieteellisten kokeiden tuottama data kaksinkertaistuu nykyään muutaman kuukauden välein, ja määrä on edelleen kasvussa. Lisäksi kokeet tuottavat aivan uudenlaista dataa, jota pitäisi käsitellä järkevällä tavalla. ELIXIR rakentaa Eurooppaan biologisen informaation infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Tuloksia hyödynnetään lääketieteessä ja ympäristön tutkimuksessa. Suomen ELIXIR-keskus tarjoaa Suomessa kehitettyjä lääketieteen ja bioinformatiikan työkaluja. Täältä saa myös ELIXIRin jäsenorg...
elixir-finland.org
Elixir
http://www.elixir-finland.org/yhteistyokumppanit
Biotieteellisten kokeiden tuottama data kaksinkertaistuu nykyään muutaman kuukauden välein, ja määrä on edelleen kasvussa. Lisäksi kokeet tuottavat aivan uudenlaista dataa, jota pitäisi käsitellä järkevällä tavalla. ELIXIR rakentaa Eurooppaan biologisen informaation infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Tuloksia hyödynnetään lääketieteessä ja ympäristön tutkimuksessa. Suomen ELIXIR-keskus tarjoaa Suomessa kehitettyjä lääketieteen ja bioinformatiikan työkaluja. Täältä saa myös ELIXIRin jäsenorg...