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實驗室裡 實驗室外: 養綠藻
http://seacity2.blogspot.com/2007/04/blog-post.html
現在換了一個實驗室，在開始學著養單細胞、有兩根鞭毛的綠藻 衣藻( Chlamydomonas reinhardtii. 如此一來，養綠藻就跟養大腸菌養酵母菌一樣簡單方便，可以用牙籤或白金絲挑一個 菌落 (colony，或許應該叫做 藻落 才對)，在固態培養基上塗抹劃開，選殖單一個體就比以前操作四膜蟲時 用嘴叼著毛細管去吸來吸去. 張貼者 纖毛蟲 於 7:44 下午. 你好,想跟你請問一下你培養綠藻所使用的營養液內含什麼樣的物質,因為學長叫我找培養的方法要我做剛好看到台長你的文章,所以跟你請問下不知道方不方便可以給我這類的資訊. 訂閱 張貼留言 [ Atom. 32406;毛蟲. 25105;說引用，他說抄襲. 25214;碴與真假. 22810;麼真實的寫真？ 23436;成了！ 23553;面文章. 38928;防癌症的疫苗之二：想不想接種？ 36935;見方塊字. 31532;二語言. 32102;高中學弟妹的回信. From 台大動物 to 宜大生機 的旅程. The Road Not Taken. The Sky of Gene.
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實驗室裡 實驗室外: 邁向人造生命（一）：又見Venter
http://seacity2.blogspot.com/2008/02/venter.html
上星期在期刊 科學 (Science) 的網站上隨便瀏覽剛發表的論文時，注意到來自美國馬里蘭州J. Craig Venter Institute的研究人員 發表了一篇文章. 自由時報 ，或是更聳動的 成功合成DNA 人可望取代上帝. 而名列共同作者之一，就是該機構的創辦人，J. Craig Venter。 他利用獨創的 全基因體散彈槍定序法 (whole genome shotgun sequencing method)就要後來居上，逼迫跨國團隊快馬加鞭，最後兩方言和，同時分別發表成果，完成人類基因體定序。 他又去募集其他資金，最後創設了J. Craig Venter Institute (JCVI)，把幾年來成立的組織通通整合起來，自己帶頭當家。 侏儸紀公園 的劇情與 生命會找到出路 的印象早已深植人心，人一定不勝天，面對自然與生命應該要謙卑一點。 註 關於當年Venter演講的內容經過以及其他感想，請參閱 解讀人類基因組的人 系列. 張貼者 纖毛蟲 於 9:12 上午. I like this information provided in this article. 訂閱 張貼留言 [ Atom.
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實驗室裡 實驗室外: 邁向人造生命（二）：一步一步走
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美國馬里蘭州J. Craig Venter Institute (JCVI)的研究人員在老闆Venter的主導下，企圖朝著合成微生物的方向而努力。 無中生有去創造很困難，有樣學樣比較簡單，於是JCVI的人員看看自然界活生 生的細菌到底有哪些基因，試圖從基因體的定序來著手，解決 基本要素 有哪些與 附加元件 是甚麼的問題。 但是哪些是不可或缺的，哪些又是可有可無，與維生無關緊要 他們下一個研究，就是有系統地把基因逐次剔除掉 如 果把某個基因弄掉時細菌依然活得好好的，就表示這個基因在當時的培養狀況下並非必要的 相反地，如果某個基因被剔除之後細菌就死掉了，這個基因的產物就是 負責細菌生長代謝中缺一不可的角色。 這種情況下又怎麼知道要去安排利用哪些基因，去從事哪些生化反應呢 還是老話一句 無中生有 創造很困難，有樣學樣比較簡單。 他們踏著航海探險時代前人的步伐，追隨達爾文等 自然博物學家的腳步 想一想電影 怒海爭鋒 (Master And Commander) 中 那個對於採集紀錄生物興致勃勃的醫生。 的最後，原作者 James Shreeve 這樣寫. 張貼者 纖毛蟲 於 10:59 下午.
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實驗室裡 實驗室外: PCR之一：不簡單的簡單
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1 ul 10 uM 寡核甘酸#1. 1 ul 10 uM 寡核甘酸#2. 4 ul 25 mM 氯化鎂水溶液. 1 ul 10 mM 去氧核甘三磷酸混合物. 然後同樣的步驟週期重複一次，兩股 DNA再度打開、黏附引子到特定的區域上、聚合延伸，產物就增加為原來的兩倍 重複了三十次，產物就拷貝拷貝再拷貝.，大量複製成原來的二的三十次方倍，換算一下大約是原來的1000000000倍。 但是問題來了 DNA的聚合酵素是一種蛋白質，就像把生雞蛋煎成荷包蛋，一般的蛋白質在高溫加熱後就變性失去活性了，怎麼能把聚合酵素加熱高溫，而且還要重複同樣的步驟好幾十次 PCR的應用關鍵就在於使用了一種特殊的 Taq聚合酵素。 圖片取自Wikipedia，請參見http:/ en.wikipedia.org/wiki/Image:PCR.svg. 張貼者 纖毛蟲 於 10:47 上午. Http:/ bio-rad.cnpg.com/lsca/videos/ScientistsForBetterPCR/. 原來 denature 翻譯成 "變性" XD. 訂閱 張貼留言 [ Atom. 32406;毛蟲.
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實驗室裡 實驗室外: 纖纖細毛
http://seacity2.blogspot.com/2008/03/blog-post.html
而多年前我在課堂上修習細胞生物學時，這些就已經是教科書上的標準教材 學過細胞學的人，或許還記得教科書上曾提過纖毛 鞭毛的主體是軸絲 (axoneme)，它的橫切面在電子顯微鏡下可見到微管 (microtubule) 構成"9 2"的美麗複雜結構 而運動蛋白 dynein 連結相鄰的微管，利用水解ATP的化學能改變運動蛋白的構型，造成微管的相對滑動，而使軸絲彎曲，讓纖毛擺動。 另外人們也發現 幾乎人體大多數的細胞在分裂完成，進入不再增殖的靜止時期，也會長出一根不會動的纖毛，稱為初級纖毛 (primary cilium)。 只是或許 纖毛是會動的胞器 這種先入為主的觀念已深植人心，而且不會動的與會動的相比，分明就是缺少了某些構造功能，所以推想這些 非運動纖毛 或許沒什麼大用處，連由Albert與Watson等人所著的 聖經 級教科書 Molecular Biology of the Cell. 在1994年第三版時就說初級纖毛 不具任何已知的功能 ("has no known function")。 遠因呢 則是起源於有兩條鞭毛的單胞藻衣藻 Chlamydomonas reinhardtti. Once i...
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實驗室裡 實驗室外: 愚人節的故事
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每週四是著名的科學期刊 自然 ( Nature. 今年 ( 註 這篇是2004年完成的舊文. 發生學 (developmental biology) 現在一般都翻譯成發育生物學，是討論生物從受精卵如何變成個體，包括成長分化衰老死亡這些過程的學問。 有一天上課講到了老化，老師說要補 充一篇最近剛出爐發表在 自然 上的綜論文章，報導有關長生不老研究的最新進展。 哇，竟然從鯉魚的研究找到了可以影響哺乳動物壽命的關鍵，這真是令人興奮的大發現 不過老師說他想找更多的相關研究與原始文獻來補充，但是文後所附的參考文獻台灣都找不到，所以很抱歉，他當前所能告訴我們的就只有這篇 自然 的報導所述的內容了。 原來一九九三年與一九八二年這兩篇 自然 的文章都是在四月一日出刊的，是英國人的幽默玩笑啦 當年六月某期的讀者投書就刊出了各國各地科學家的回應，有稱讚玩笑開得很高明、正好拿去捉弄同僚與學生的美國人，有一板一眼批評不該在嚴謹科學刊物作弄人的德國人，有表示很無辜上當但是自我嘲笑一番的西班牙人，還有人很 kuso 順著玩笑繼續回應下去。 去年 ( 註 2003. 今年 ( 註 2004. 張貼者 纖毛蟲 於 9:04 下午.
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實驗室裡 實驗室外: 「工具組主控基因」？
http://seacity2.blogspot.com/2007/06/blog-post.html
Endless Forms Most Beautiful: The New Science of Evo Devo，商周出版)。 這本書是在介紹演化發生學(Evo-Devo)，一個揉合了演化生物學(evolutionary biology)與發育生物學(developmental biology) 的新興領域。 Tool kit master gene)，決定牠們身體與身體各部位的形成與樣式。 我看到這個名詞時，試圖從中文字面上了解這是什麼意思 是說來控制工具組的基因嗎 這是什麼意思呢 再看所註的原文 tool kit master gene 我知道何謂master gene 如果我們把生物個體發育程式的調控，看作是一層一層一階一階具有階級秩序的基因活動，就像是軍隊裡面發號施令的指揮體系一樣，在某個發育程式裡的所謂master gene，就像是一個軍旅部隊的主官首長。 可是前面冠個tool kit 又是怎麼一回事呢 讀了讀上下文，大概可以了解作者想表達的意思是什麼。 但是為什麼從未在課堂演講或期刊中聽過這個 tool kit master gene 的說法. 而 背端 與 腹端 (ventral)則是不...
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實驗室裡 實驗室外: PCR之二：PCR之歌
http://seacity2.blogspot.com/2008/01/pcrpcr.html
介紹了這首 PCR之歌 (The PCR Song)。 There was a time when to amplify DNA,. You had to grow tons and tons of tiny cells. Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,. Said you can amplify in vitro just as well. Just mix your template with a buffer and some primers,. Nucleotides and polymerases, too. Denaturing, annealing, and extending. Well it's amazing what heating and cooling and heating will do. PCR, when you need to detect mutations. PCR, when you need to recombine. PCR, when you need to solve a crime.
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實驗室裡 實驗室外: 纖毛大會
http://seacity2.blogspot.com/2008/03/blog-post_17.html
Biology of Cilia and Flagella")，號稱是八零年代以後首度把與這個領域相關的人士齊聚一堂，共同研討。 這位先生最後與會議的發起人之一兩人聯名把摘要報告發 表在 細胞生物學期刊 ( Journal of Cell Biology. 上，文章的題目叫做 "Making Sense of Cilia"。 用這樣一個花俏的題目，刻意要語帶雙關地把 sense 感覺 這個字眼放進來，就知道在這個作者與會議籌辦人心中當前最重要的纖毛相關研究，是要了解纖毛如何擔任細胞感覺胞器的角色。 It is an exciting era for the biology of cilia and flagella"。 Tune 是調整頻率、對準頻道的意思，電視節目要進廣告之前常請電視機前的觀眾 "stay tuned"，就是請觀眾頻道調好了，不要轉台別走開，精采的節目馬上回來。 用這個片語當標題， 一方面表示纖毛生物學的研究正精采，別轉台跑掉，要繼續盯著欣賞 另一方面，也是再一次呼應著當前纖毛研究的熱門話題 它是細胞的天線，具有感應刺激，傳遞訊息的功能。 張貼者 纖毛蟲 於 7:26 上午.
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實驗室裡 實驗室外: 綠藻枝仔冰
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老學姊突然靈光一閃，說 Let's try to make some Popsicle! 張貼者 纖毛蟲 於 11:59 下午. 你自認 外文能力真是不行 到底怎樣叫做不行呢 有什麼具體的事情嗎 如果不方便公開留言，請寄email. 黑 我想認識你 可以嗎 我是可憐的研究生. 我的FB 帳號 jun yi c@hotmail.com. 訂閱 張貼留言 [ Atom. 32406;毛蟲. 24858;人節的故事. 32406;毛大會. 32406;纖細毛. 36993;向人造生命（二）：一步一步走. 36993;向人造生命（一）：又見Venter. PCR之二：PCR之歌. PCR之一：不簡單的簡單. 12300;工具組主控基因」？ 39178;綠藻. From 台大動物 to 宜大生機 的旅程. The Road Not Taken. The Sky of Gene.
